Hlavními cíli projektu PUNTIS jsou trvalý rozvoj výzkumného centra, plnohodnotné využívání a částečná obnova a modernizace vybudované infrastruktury; podpora Centra jako evropsky významného výzkumného a vývojového pracoviště podporujícího také sociální i ekonomický rozvoj města Plzeň a celého Plzeňského regionu; rozvoj výzkumných týmů Centra, zajištění jejich internacionalizace a optimální věkové a kvalifikační struktury; přispět ke zvýšení konkurenceschopnosti českého výzkumu. Dílčími cíly projektu jsou vytvoření podmínek pro postupný přechod Centra na financování z vlastních zdrojů; produkce kvalitních mezinárodně uznávaných výsledků VaV; zlepšení poměru mezi veřejnými a neveřejnými zdroji Centra s cílem minimalizovat možné negativní efekty změn financování VaV v prostředí ČR; zvýšení úspěšnosti výzkumného týmu Centra v soutěži o mezinárodní a národní granty; zrychlení přenosu výsledků základního výzkumu směrem k aplikacím a jejich průmyslovému využití; doplnění výzkumných týmů především o mladé výzkumné pracovníky a o pracovníky se zkušenostmi z jiných akademických pracovišť a průmyslových laboratoří; zvýšení otevřenosti Centra zintenzivněním spolupráce s pracovišti v zahraničí; podpora dlouhodobých mobilit, zapojení výzkumných pracovníků ze zahraničí do výzkumu prováděnému v Centru; udržení a prohloubení mezioborové spolupráce a rozvoj interdisciplinárních týmů nadkritické velikosti schopných uspět při řešení komplexních problémů a velkých VaV projektů; systematická podpora odborného vzdělávání a výchovy doktorandů a výzkumníků a posílení tzv. znalostního trojúhelníku (tj. výzkumu, inovací a vzdělávání).